2005年日本的沖繩，被宮城喬治收作養女的高中生音無小夜，每天過著平靜的日子。她唯一所缺少的是一年多以前的記憶，而平靜的生活也因神秘吸血智慧生物「翼手」的出現開始改變。 而哈吉則是一位身著黑色的衣服，演奏大提琴的謎樣青年。當他將一把與小夜命運與共的武士刀交給少女小夜之時，歷史的車輪終於開始滾動。 故事以小夜和翼手之間的戰鬥以及追尋小夜的身世之謎為主線，講訴了小夜等人在世界各地的冒險經歷，分成「沖繩篇」、「越南篇」、「俄羅斯篇」、「法國篇」、「英國篇」、「美國篇」六個部分。